The objective of this study was to characterize isolates of biovar 2 of Ralstonia solanacearum pathogenic to eucalyptus "urograndis" hybrid by means of biochemical tests, as well as evaluation of host range and identification by PCR with primers for species, biovar and phylotype. Carbohydrate utilization assays revealed that the eucalyptus isolates belong to phenotype Tropical of biovar 2 (2T). From artificial inoculations it was possible to reproduce symptoms or recover the bacterium from: eucalyptus, potato, tomato, eggplant, datura, geranium, turnip, mustard, nasturtium, beetroot, sunflower, bean, French marigold, horseradish tree, and cashew. The PCR assays confirmed that the isolates belong to biovar 2, phylotype II of the bacterium. The confirmation of new biovar naturally infecting eucalyptus indicates that R. solanacearum easily adapts to new hosts.

O objetivo deste trabalho foi identificar isolados de Xanthomonas causadores da mancha bacteriana do tomateiro para consumo in natura, provenientes da região do Alto Vale do Rio do Peixe, SC, Brasil, bem como caracterizá-los quanto à sensibilidade in vitro ao cobre. As espécies foram determinadas por similaridades de perfis genômicos gerados por BOX-PCR e a sensibilidade ao cobre foi estabelecida utilizando-se o meio CYE suplementado com sulfato de cobre nas concentrações de 50, 100 e 200 µg/mL. Do total de 44 isolados, 80% foram identificados como X. gardneri, 11% como X. perforans e 9% como X. vesicatoria. De acordo com a reação ao cobre, os isolados foram agrupados em quatro classes (S, sensíveis; MS, moderadamente sensíveis; MI, moderadamente insensíveis; I, insensíveis). Quanto à sensibilidade ao cobre, 98% de todos os isolados foram sensíveis a 200 µg/mL, sugerindo que aparentemente, a dosagem recomendada de produtos à base de cobre em campo, 10 vezes maior que a dosagem limítrofe utilizada nos testes in vitro, ainda é eficiente para as diferentes espécies da bactéria.

The aim of this study was to identify at the species level Xanthomonas strains causing tomato bacterial spot in the region of "Alto Vale do Rio do Peixe", state of Santa Catarina, Brazil, as well as to determine their in vitro sensitivity to copper. Species were determined by similarity analysis of genomic profiles generated by BOX-PCR and sensitivity to copper was established using the CYE medium supplemented with copper sulfate at concentrations of 50, 100 and 200 µg/mL. Of the 44 isolates, 80% were identified as X. gardneri, 11% as X. perforans and 9% as X. vesicatoria. According to the response to copper, the isolates were divided into four classes (S, sensitive; MS, moderately sensitive; MI, moderately insensitive; I, insensitive). Regarding the sensitivity to copper, 98% of all isolates were sensitive at 200 µg/mL, suggesting that the recommended dosage of copper-based products registered for the crop may still provide effective control of the different bacterial species.

Uma das principais doenças que afetam a produção de goiaba no Brasil é a seca-dos-ponteiros, causada pela bactéria Erwinia psidii, cuja disseminação é favorecida por mudas contaminadas. O desenvolvimento de métodos diagnósticos mais eficazes poderia reduzir a disseminação da bactéria no país. Considerando a necessidade de se disponibilizar um método eficiente e simples para a detecção de E. psidii em material de propagação, foi objetivo desse trabalho produzir antissoros policlonais específicos contra a bactéria e desenvolver um método de detecção utilizando o enriquecimento da população bacteriana em extrato de folhas de goiabeira seguido de imunodifusão radial dupla. Um antissoro foi produzido contra a estirpe tipo da bactéria IBSBF 435 (ICMP 8426, NCPPB 3555), avaliado quanto à eficiência e especificidade e utilizado na determinação dos limiares de detecção da mesma. O antissoro As15-1 reagiu positivamente com todos as estirpes testadas de E. psidii, não reagindo com estirpes de outros gêneros e espécies de bactérias fitopatogênicas e apresentou reação cruzada com dois isolados não patogênicos da flora da goiabeira. O crescimento da população bacteriana no extrato de folhas foi observado após 12 h de incubação a partir de populações iniciais de 10³, 10(5) e 10(7) ufc/mL, até 60 h. A partir de 12 h, já foi possível detectar E. psidii por enriquecimento e imunodifusão radial nas amostras com populações iniciais de 10(7) ufc/mL e a partir de 36 h, detectou-se a bactéria mesmo em amostras com populações iniciais de 10³ ufc/mL. Considerando a possibilidade de falsos positivos, é recomendável associar outros métodos diagnósticos ao método aqui proposto.

One of the most important diseases affecting guava production in Brazil is bacterial blight, caused by the bacterium Erwinia psidii. Pathogen dissemination often occurs through contaminated propagating plant material. The development of more effective diagnostic methods may reduce pathogen dissemination in the country. Considering the need for a reliable and simple method for detecting the pathogen in plant material, the objectives of this study were to produce E. psdii-specific polyclonal antibodies and to develop a detection method using bacterial population enrichment on guava leaf extracts followed by double radial immunodiffusion. The antiserum was produced against the E. psidii type strain IBSBF 435 (ICMP 8426, NCPPB 3555) and its efficiency, specificity and sensitivity threshold were determined. The antiserum As15-1 was tested with strains of several plant-pathogenic bacteria and reacted positively with all strains of E. psidii, although cross reactions were detected with two non-pathogenic isolates from guava flora. Bacterial multiplication on leaf extracts was observed 12 h after incubation from initial populations of 10³, 10(5) and 10(7) ufc/mL, up to 60 h. After 12 h it was already possible to detect E. psidii in samples with starting populations of 10(7) cfu/mL. After 36 h, the enrichment technique allowed the detection of E. psidii using double radial immunodiffusion in samples with populations as low as 10³ cfu/mL. Considering the possibility of false positives it is desirable to associate other diagnostic methods with the method proposed in this study.

O enrolamento da folha é uma doença economicamente importante que afeta videiras (Vitis spp.). Nove vírus sorologicamente distintos, Grapevine leafroll-associated virus-1 a -9, estão associados à doença. Este estudo descreve a seqüência do gene da proteína capsidial de quatro isolados do GLRaV-3 encontrados no Vale do Rio São Francisco, Nordeste do Brasil. O RNA viral foi extraído de plantas positivas em ELISA para o GLRaV-3 e o gene da proteína capsidial completo foi amplificado por RT-PCR. As seqüências foram geradas automaticamente e comparadas a seqüências completas do gene da proteína capsidial de isolados Norte-Americano (NY1) e Chineses (Dawanhong Nº;2 e SL10) de GLRaV-3. Os quatro isolados estudados, denominados Pet-1 a 4, exibiram identidades de aminoácidos deduzidos de 98-100% (Pet-1 a 3) e 95% (Pet-4) com os isolados Norte-Americano e Chineses. Um total de dezessete substituições de aminoácidos foi detectado entre os quatro isolados caracterizados em comparação com as seqüências do NY1, Dawanhong No.2 e SL10. Os resultados indicaram a existência de variação natural entre os isolados de GLRaV-3 de videiras, demonstrando também a falta de correlação entre dados de sequência e origem geográfica. Esta variabilidade deve ser considerada quando se selecionam regiões do genoma viral para uma detecção molecular confiável e consistente.

Leafroll is an economically important disease affecting grapevines (Vitis spp.). Nine serologically distinct viruses, Grapevine leafroll-associated virus-1 through 9, are associated with this disease. The present study describes the coat protein gene sequence of four GLRaV-3 isolates occurring in the São Francisco River basin, Northeastern Brazil. The viral RNA was extracted from GLRaV-3 ELISA-positive plants and the complete coat protein gene was amplified by RT-PCR. Sequences were generated automatically and compared to the complete coat protein sequence from North American (NY1) and Chinese (Dawanhong Nº2 and SL10) GLRaV-3 isolates. The four studied isolates, named Pet-1 through 4, showed deduced amino acid identities of 98-100% (Pet-1 through 3) and 95% (Pet-4) with North American and Chinese isolates. A total of seventeen amino acid substitutions was detected among the four characterized isolates in comparison to the NY1, Dawanhong No.2 and SL10 sequences. The results indicated the existence of natural variation among GLRaV-3 isolates from grapevines, also demonstrating a lack of correlation between sequence data and geographic origin. This variability should be considered when selecting regions of the viral genome targeted for reliable and consistent virus molecular detection.

Foi avaliada a diversidade de isolados de Ralstonia solanacearum obtidos de tomateiro e de outras hospedeiras com sintomas de murcha bacteriana na região amazônica. Os isolados foram identificados quanto à biovar e separados em graus de virulência em plantas de tomate, pimentão e chicória da Amazônia (Eryngium foetidum). Dos 70 isolados, 53 pertenciam à biovar 1, quatro à biovar N2 e 13 à biovar 3, confirmando a predominância da biovar 1 em tomateiro no Estado do Amazonas. O agrupamento dos isolados mostrou três classes distintas de virulência em tomate, sendo 44,3% dos isolados altamente virulentos, 37,1% medianamente virulentos e 18,6% fracamente virulentos. O agrupamento em pimentão classificou 20% de isolados como altamente virulentos, 27,1% como medianamente virulentos e 52,9% como fracamente virulentos. Quando inoculados em chicória da Amazônia, somente o isolado de chicória provocou murcha nesta hospedeira, sugerindo uma especificidade pouco comum para R. solanacearum. Na caracterização molecular, 46 isolados de tomateiro e 18 de outras 10 hospedeiras, coletados em áreas de terra-firme e de várzea, foram comparados por BOX-PCR. Os perfis genômicos revelaram alto grau de polimorfismo entre os isolados, divididos em cinco grupos, sem correlação entre hospedeira de origem, biovar, ecossistema ou local de coleta. O isolado de chicória da Amazônia foi o mais divergente, com apenas 6,4% de similaridade em relação aos demais. Os isolados de tomateiro estavam representados em três grupos. Os quatro isolados de tomateiro da biovar N2 formaram um agrupamento distinto dos isolados das demais biovares presentes na Amazônia.

The diversity among 70 isolates of Ralstonia solanacearum collected from tomato and other hosts in the Brazilian Amazon was evaluated. Firstly, the isolates were identified at the biovar level and their virulence assessed by inoculating seedlings of tomato, sweet pepper and Amazon chicory (Eryngium foetidum). Fifty-three isolates were identified as biovar 1, four as biovar N2 and 13 as biovar 3, therefore confirming the prevalence of biovar 1 associated with tomato in the North Region of Brazil. Cluster analysis of the isolates allowed their separation into different virulence classes. On tomato, 44.3% of them were highly virulent, 37.1% were moderately virulent and 18.6% were weakly virulent. On peppers, 20% of the isolates were highly virulent, 27.1% moderately virulent and 52.9% were weakly virulent. When inoculated on Amazon chicory, only the chicory isolate caused wilt, thus revealing an uncommon specificity for R. solanacearum. Forty-six isolates from tomato and 18 from ten other hosts, collected in flooded and non-flooded areas, were then compared by BOX-PCR. Genomic fingerprints were highly polymorphic. Five groups were identified, without any clear-cut correlations among them with host of origin, biovar, ecosystem or geographic origin. The isolate obtained from Eryngium foetidum was the most divergent, with only 6.4% similarity to the other isolates. The tomato isolates were separated into three groups. All four biovar N2 isolates were grouped together and separated from the isolates representing the other biovars present in the Amazon region.

Vinte e nove culturas monospóricas de Colletotrichum, isoladas de frutos e pecíolos de mamoeiro (Carica papaya), foram caracterizadas quanto à morfologia dos conídios e apressórios, coloração e crescimento das colônias, sensibilidade ao benomyl, presença de setas e do teleomorfo, PCR com primers taxon-específicos e análise de PCR-RFLP da região ITS. Os 29 isolados foram identificados como C. gloeosporioides com base na morfologia dos conídios e apressórios, tendo a maioria dos isolados conídios cilíndricos e/ou obclavados e apressórios lobados ou fracamente lobados, em contraste com C. acutatum, isolado de morango (Fragaria x ananassa), que apresentou conídios fusiformes e apressórios circulares e lisos. Presença de setas e do teleomorfo, cor de colônia, sensibilidade ao benomyl e velocidade de crescimento variaram conforme o isolado e sofreram influência do meio de cultura usado. Todos os isolados de mamão e quatro de outras hospedeiras, manga (Mangifera indica), morango e maçã (Malus domestica), foram patogênicos a frutos de mamão cv. Sunrise Solo, mas com variabilidade em agressividade. PCR com o primer específico para C. gloeosporioides, CgInt, confirmou a identidade de apenas quatro isolados de mamão e dois isolados apresentaram reação positiva com o primer CaInt2, específico para C. acutatum. A maioria dos isolados de mamão (23) não reagiu com nenhum dos primers. Por outro lado, a análise de restrição da região ITS do rDNA, com RsaI, gerou perfis distintos entre C. gloeosporioides e C. acutatum e mostrou uniformidade entre os isolados de mamão.

Twenty-nine monoconidial cultures of Colletotrichum isolated from papaya (Carica papaya) petioles and fruits were characterized by conidial and appressoria morphology, colony color, growth rate, sensitivity to benomyl, presence of setae, presence of the teleomorph, PCR with taxon-specific primers and analysis of PCR-RFLP of the ITS region. The 29 isolates from papaya were identified as C. gloeosporioides, based mainly on conidial and appressoria morphology, with most isolates producing cylindrical and/or obclavate conidia and entirely or weakly lobed appressoria, in contrast with the strawberry (Fragaria x ananassa) isolate of C. acutatum, which produced fusiform conidia and circular appressoria with entire edges. Presence of setae, teleomorphic stage, colony color, sensitivity to benomyl and growth rate were variable among isolates and influenced by the culture medium. All papaya isolates and four isolates (C. gloeosporioides and C. acutatum) from other hosts, mango (Mangifera indica), strawberry and apple (Malus domestica), were pathogenic to papaya fruits cv. Sunrise Solo, producing similar symptoms, but with variability in aggressiveness. PCR with C. gloeosporioides-specific primer, CgInt, confirmed the identity of four papaya isolates. Two other isolates reacted with C. acutatum-specific primer, CaInt2. The majority of papaya isolates (23), however, did not react with any of the primers tested. In contrast, RFLP analysis of the amplified ITS region with RsaI, generated distinct patterns that could differentiate between the two species, C. gloeosporioides and C. acutatum, and showed uniformity among papaya isolates.

A videira (Vitis spp.) é afetada por diversas viroses, dentre essas, o enrolamento da folha se destaca pela importância econômica. A doença é causada por um complexo formado por até oito vírus [Grapevine leafroll-associated virus (GLRaV) -1 ao -8]. O objetivo desse trabalho foi comparar a variabilidade da extremidade 3' do gene da polimerase de isolados de GLRaV-3, provenientes do Submédio do Vale do Rio São Francisco (Petrolina, PE) com a de outros isolados disponíveis no GenBank, incluindo um isolado da América do Norte e um da região sul do Brasil. O RNA viral foi extraído de três amostras infetadas, reagentes em teste de ELISA, e um fragmento de 340 pb foi amplificado por RT-PCR, utilizando-se oligonucleotídeos para a região do gene da polimerase viral compreendida entre os nucleotídeos 8267 a 8606. Observou-se que os três isolados da região do São Francisco, denominados Pet-1, Pet-2 e Pet-3, apresentaram 98% e 94% de similaridade com o isolado norte-americano (AF037268) com aquele do sul do Brasil (AF438411), respectivamente. A principal variação observada foi uma troca de um aminoácido da posição 2766 (F2766Y), considerando-se o genoma completo. Esses dados preliminares indicam a existência de uma variabilidade natural entre isolados de GLRaV-3 em videiras. Isso pode ser explicado pela propagação vegetativa e pelo longo ciclo da planta associados à propensão ao erro da RNA polimerase dependente de RNA.

Many viral diseases, including leafroll, which is of great economic importance, affect grapevines (Vitis spp.). A complex of eight viruses [Grapevine leafroll-associated virus (GLRaV) -1 to 8] is associated with this disease. The objective of this study was to compare the variability of the 3' terminal region of the polymerase gene of three isolates of GLRaV-3 (Grapevine leafroll-associated virus-3), from Submédio do Vale do Rio São Francisco (Petrolina-PE) with that of other isolates available at the GenBank, including an isolate from North America and another from Southern Brazil. The viral RNA was extracted from three infected ELISA reactive plants and a fragment of 340 bp was amplified, by RT-PCR, using primers that recognize that portion of the polymerase gene found between nucleotides 8267 and 8606. The three isolates from Vale do Rio São Francisco named Pet-1, Pet-2 and Pet-3, showed similarities ranging from 98% and 94%, respectively to the isolates from North America (AF037268) and Southern Brazilian (AF438411). Considering the whole genome, the main variation found was one amino acid change at position 2766 (F2766Y). These preliminary data indicate the existence of a natural variation among GLRaV-3 isolates from grapevines. This could be due to the vegetative propagation and long cycle of the plant, associated with the error-prone nature of RNA-dependent RNA polymerase.